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HIGHLIGHTS
Doctoral training
Thesis students at the LIPM belong to the Toulouse doctoral school SEVAB (Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries). In addition to a thesis supervisor, each student also benefits from the assistance of a thesis committee which meets every year in the presence of the supervisor. Students also follow a number of additional training courses and must possess a basic knowledge of English. The doctoral school organizes yearly meetings for students to present their research projects, and the LIPM encourages students to attend at least one international congress during the course of their thesis.
SEVAB covers 23 research laboratories, and is divided into 6 research themes. The LIPM belongs to theme 5: Plant-Microbe Interactions. Thesis projects are proposed by the respective laboratories and open for competition organized by the doctoral school (for more information see the SEVAB web-site; thesis projects). Research groups can also accept thesis students from the “Ecoles Normales Supérieures”.
Masters and Ingénieur training
The LIPM welcomes a significant number of students each year (2-6 months training) from a variety of schools and universities, and in particular Masters students following the Microbiology-AgroBiosciences (MABS) courses at the Toulouse Paul Sabatier University. Other students come from the Institut National des Sciences Appliquées (INSA) or the Ecole Nationale Supérieure d'Agronomie (ENSAT).
NEW !! OFFRE DE STAGE M2
Rôle de la méthylation du promoteur d’epsR, un répresseur de la production d’exopolysaccharides, dans la virulence et le métabolisme de la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum
Ralstonia solanacearum est un complexe d’espèces bactériennes responsables de la maladie du flétrissement bactérien de plus de 250 espèces végétales d’intérêts agronomiques et vivriers telles que la pomme de terre, la tomate et le bananier (Vailleau and Genin 2023). Cette bactérie représente une menace majeure en agriculture sur tous les continents, étant capable de s’adapter rapidement et aucun moyen de lutte efficace n’étant disponible. Au LIPME, nous menons des recherches visant à mieux comprendre les mécanismes moléculaires de l’adaptation à de nouvelles plantes hôte. Des travaux d’évolution expérimentale de la souche GMI1000 ont mis en évidence l’importance de mutations génétiques favorables à une meilleure croissance de la bactérie dans le xylème des plantes (Guidot et al. 2014; Gopalan-Nair et al. 2020). Plus récemment, ces travaux ont révélé pour la première fois un avantage adaptatif de la méthylation de l’ADN, une forme majeure de variation épigénétique. Cette méthylation est apparue dans la région promotrice du gène epsR qui code pour un répresseur de la production d’exopolysaccharides (EPS), un facteur de virulence majeur chez R. solanacearum (Chapman and Kao 1998).
Chez les bactéries, la méthylation de l’ADN est catalysée par des ADN-methyltransférases (MTases) qui vont méthyler soit les adénines en position 6 soit les cytosines en position 4 ou 5. L’impact de la méthylation de l'ADN a été étudié chez quelques bactéries modèles telles que Escherichia coli ou Salmonella enterica où elle joue un rôle dans l’immunité de la bactérie, le contrôle du cycle cellulaire, la réparation de l'ADN, la virulence et la régulation de l’expression des gènes (Sánchez-Romero and Casadesús 2020). Chez R. solanacearum, des travaux récents ont montré que la délétion des deux MTases responsables des méthylations rendait la souche non pathogène. Cependant, l’impact de la méthylation à un site donné n’est pas encore connu.
L’objectif de ce stage est de mieux comprendre l’impact de la méthylation de la région promotrice du gène epsR sur (1) son expression, (2) la virulence et (3) le métabolisme de la souche GMI1000 de R. solanacearum. Pour répondre à cet objectif, nous utiliserons des clones méthylés et non méthylés en amont d’epsR déjà disponibles au laboratoire.
Techniques
L’impact de la méthylation dans la région promotrice d’epsR sur son expression sera étudié par RT-qPCR ou par fusion lacZ dans différents fonds génétiques et différents environnements de croissance. L’impact sur la virulence sera étudié en comparant le pouvoir pathogène sur tomate Marmande, de souches méthylées et non méthylées. L’impact sur le métabolisme sera étudié en comparant les courbes de croissance in vitro sur milieu synthétique ayant différentes sources de carbone. D’autres phénotypes pourront être analysés tels que la formation de biofilms ou la production d’EPS.
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Equipe d’accueil : LIPME - équipe RAP (Stéphane Genin)
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Début du stage: Janvier 2025
NEW !! PhD position
Caractérisation de machineries de réparation de l'ADN chez Sinorhizobium meliloti
Characterization of DNA repair machinery in Sinorhizobium meliloti
Le sujet de thèse s'inscrit dans le cadre d’un projet récemment financé par l’ANR (BacNHEJ, 2024-2028), visant à mieux comprendre les mécanismes de réparation des cassures double-brin de l'ADN par recombinaison non homologue (NHEJ) chez les bactéries. En particulier, certaines espèces bactériennes codent pour plusieurs voies de réparation NHEJ mais les éventuelles spécificités de ces voies et leurs possibles interrelations, ainsi que leur intégration dans le contexte cellulaire (interactions avec d'autres processus de réparation de l'ADN notamment) ne sont pas comprises. Ainsi, chez Sinorhizobium meliloti, une bactérie fixatrice d'azote symbiotique de légumineuses, nous avons récemment mis en évidence par des approches génétiques l'existence d'au moins deux voies de réparation NHEJ principales capables de fonctionner indépendamment (Dupuy et al. 2019, Nucleic Acids Research 47:1335, doi: 10.1093/nar/gky1212).
L’objectif de la thèse est de poursuivre la caractérisation de ces multiples voies en utilisant des approches d'interactomique et de biochimie de protéines. Dans un premier temps, vous validerez les données génétiques et décrirez les éventuelles complémentarités/compétitions entre ces voies in vivo, notamment en procédant à la recherche d'interactions entre les différentes machineries par des approches de type Tap-tag. Ces approches vous permettront en outre d'identifier de potentiels nouveaux acteurs protéiques impliqués dans ces voies de réparation, ou de révéler d'éventuelles interactions avec d'autres processus cellulaires. Dans un second temps, vous participerez à la caractérisation biochimique et biophysique de ces machineries de réparation et de leurs activités en utilisant des systèmes reconstitués in vitro avec des protéines purifiées.
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Lieu : la première partie de la thèse sera réalisée dans l'UMR LIPME (INRAE - Occitanie Toulouse) au sein de l'équipe RLE, la deuxième partie sera effectuée dans l'UMR MICALIS (INRAE - Ile de France - Jouy en Josas)
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Encadrement : Claude BRUAND (LIPME) et François LECOINTE (MICALIS), et vous serez inscrit.e à l'école doctorale SEVAB (Université de Toulouse).
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Début du contrat : 02/12/2024; Date limite : 30/09/2024
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Rémunération : 2100 euros brut/mois
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Formations et compétences recherchées
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Master ou équivalent (Bac +5) en microbiologie moléculaire et/ou biochimie
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Connaissances souhaitées : biologie
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Aptitudes recherchées : motivation, organisation et rigueur scientifique, intérêt pour les mécanismes moléculaires
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Contacts : Claude BRUAND et François Lecointe
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Plus d'infos : https://jobs.inrae.fr/ot-22753
