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Tel +33(0)561285525
Mots-clés
Experimental evolution, adaptive potential, fitness measure, genomic polymorphisms, transcriptomic variation, bacterial plant pathogen, Ralstonia solanacearum, pathogen effectors.
Stéphane GENIN
DR1 CNRS, HDR, Responsable de l'équipe RAP
SUJETS DE RECHERCHE
Pathogénie et adaptation de Ralstonia solanacearum à ses plantes hôtes
FORMATION
-
1993 : doctorat de l'Université Paris XI-Orsay
-
1993-1995 : Postdoctorat au Département de Génétique de l'Université de Munich dans le laboratoire du Professeur Regine Kahmann.
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Orcid: 0000-0003-2498-2400
Tel +33(0)561285592
Mots clés
Nemo PEETERS
DR2 INRAE, Directeur Adjoint LIPME
SUJETS DE RECHERCHE
Je développe deux axes de recherche dans l'équipe. Le premier se focalise sur l'identification des cibles végétales des effecteurs de type III de Ralstonia solanacearum et leur contribution dans l'immunité de la plante et la maladie. A cette fin, j'utilise une approche d'interraction des protéines à grande échelle et la génétique fonctionnelle des plantes. Mon second axe de recherche consiste à développer des marqueurs WITS chez R. solanacearum afin d'être capable de quantifier les contraintes à l'entrée du pathogène dans la plante et sa progression. J'envisage d'utiliser cette technique pour mieux comprendre diverses fonctions bactériennes, diverses fonctions végétales mais aussi l'importance de l'environnement dans le cycle de l'infection.
FORMATION
-
2007: HDR, « Habilitation à diriger des recherches » , Université de Toulouse
-
2000: Doctorat cellule de plante et physiologie moléculaire , Université de Paris XI, Orsay
Sujet : Fonction et Localisation d'aminoacyl-tRNA synthétases dans les organelles de plantes.
Directeur : Dr Ian Small. -
1996: DEA (M2) cellule de plante et physiologie moléculaire, Université de Paris XI, Orsay
FINANCEMENTS RECENTS
-
ANR PAPTICROPS
-
ANR PHENOME2
-
PLANT2PRO IPSOPHEN
COLLABORATIONS
Dr Laurent Deslandes, LIPME
Dr Laurent Noel, LIPME
Prof Ding, Southwest University, Chongqing, China
Prof Zhang, Southwest University, Chongqing, China
Dr Macho, Centrer for plant stress biology, Shaghai, China
MEMBRE COMITE
Deputy Director of LIPME (DUA)
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
ORCID # 0000-0002-1802-0769;
ResearchID # A-2488-2012
39 publications, 4573 total times cited, h-index=23
Landry D., Mila I., Sabbagh C. R. R., Zaffuto M., Pouzet C., Tremousaygue D., Dabos P., Deslande L. and Peeters N. An NLR Integrated Domain toolkit to identify plant pathogen effector targets, 2021
https://doi.org/10.1101/2021.08.23.457316 Not yet peer-reviewed
Gerlin L, Escourrou A, Cassan C, Maviane Macia F, Peeters N, Genin S, Baroukh C. Unravelling physiological signatures of tomato bacterial wilt and xylem metabolites exploited by Ralstonia solanacearum. Environ Microbiol. 2021 Apr 19. doi.org/10.1111/1462-2920.15535. Epub ahead of print. PMID: 33876545.
LIENS
effectorK, database of Arabidopsis - pathogen effector interactions.
T3E db, database of type III effectors from R. solanacearum
SCIENCE ET SOCIETE
Comment être un bon pathogène, trois exemples illustrés des ruses utilisées par des pathogènes bactériens.
Prof Gregory Cans. Lycée Vincent Auriol, Revel, 30 oct 2020.
Plant of thrones: alliances et trahison !
Pint-of-science, Toulouse, 20 mai 2019
Explication à des journaliste en quoi consiste le phénotype de plante.
European Science Open Forum, Toulouse, Juillet 2018
Tel +33(0)561285518
Mots clés
Adaptation bactérienne, évolution expérimentale, mutation adaptative, génomique, transcriptomique, épigénétique bactérienne, méthylation de l’ADN, bactérie phytopathogène, Ralstonia solanacearum
Alice GUIDOT
CRCN INRAE,
SUJETS DE RECHERCHE
J’étudie les bases moléculaires de l’adaptation à la plante hôte chez la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum par une approche d’évolution expérimentale. Pour cela, j’ai fait évoluer la souche GMI1000 de cette bactérie en effectuant des passages en série sur une plante hôte fixée pendant plus de 300 générations. J’ai mené cette expérience sur 5 espèces de plantes différentes et généré 5 lignées d’évolution par plante. Je m’intéresse à la fois aux modifications génétiques et aux modifications épigénétiques (méthylation de l’ADN) qui contribuent au processus adaptatif.
FORMATION
2019 HDR (Habilitation à Diriger les Recherches) à l’Université Toulouse 3
2008-2010 Postdoctorat au LIPME, Toulouse, sur l’évolution expérimentale de Ralstonia solanacearum
2004-2008 Postdoctorat au CIRAD de la Réunion, sur la génomique comparative de Ralstonia solanacearum
2001-2004 Postdoctorat à l’Université d’Uppsala en Suède sur la dynamique des populations des champignons Daldinia loculata et Lactarius mammosus
1997-2000 Thèse au laboratoire d’Ecologie Microbienne de l’Université Lyon 1, sur les populations d’un champignon ectomycorhizien, Hebeloma cylindrosporum
1997 DEA Ecologie Microbienne à l’Université Lyon 1
FINANCEMENTS RECENTS
2023-2026 Décrypter les mécanismes génétiques et épigénétiques de l’adaptation bactérienne aux changements de mode de vie tout au long du continuum pathogénicité-mutualisme (ANR LIFEPATH)
2017-2023 Rôle des modifications épigénétiques chez une bactérie phytopathogène (ANR EPI-PATH)
2017-2023 Rôle des modifications épigénétiques chez une bactérie phytopathogène (ANR PRC)
2017 Modifications épigénétiques durant l’adaptation à la tomate résistante (FRAIB - LabEx TULIP)
2016-2017 Discrimination des populations bactériennes via le profil de méthylation (INRA SPE)
2015-2016 Rôle du régulateur de transcription, efpR, chez Ralstonia solanacearum (INRA SPE)
COLLABORATIONS
- Delphine Capela et Philippe Remigi, LIPME, Toulouse
- Yann Pécrix et Stéphane Poussier, UMR PVBMT, CIRAD, Saint-Pierre de La Réunion
- Julien Brillard et Alain Givaudan, DGIMI, Montpellier
- Pédro Oliveira, Génoscope, Evry
- Carmen Beuzon, Département de biologie cellulaire, génétique et physiologie, faculté de SCIENCES, Malaga, Espagne
MEMBRE COMITE
2020-2024 Direction du Comité d’Organisation du congrès national « Rencontres Plantes Bactéries », Aussois, 24-28 janvier 2022 / 28 janv – 2 fév 2024
2020-2024 Membre du Conseil Pédagogique du LabEx TULIP, Toulouse
2015-2020 Membre du Comité Scientifique du LabEx TULIP, Toulouse.
2016 Co-responsable du Comité d’Organisation du congrès international « International Bacterial Wilt Symposium », Toulouse, 3-7 juillet 2016.
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
ORCID (0000-0001-5282-4157)
Gopalan-Nair R, Jardinaud M-F, Legrand L, Lopez-Roques C, Bouchez O, Genin S, Guidot A. 2023. Transcriptomic profiling reveals host-specific evolutionary pathways promoting enhanced fitness in the plant pathogen Ralstonia pseudosolanacearum. Microbial Genomics 9:001142. doi: 10.1099/mgen.0.001142
Baroukh C, Cottret L, Pires E, Peyraud R, Guidot A, Genin S. 2023. Insights into the metabolic specificities of pathogenic strains from the Ralstonia solanacearum species complex. mSystems 0:e00083-23. https://doi.org/10.1128/msystems.00083-23
Gopalan-Nair R, Jardinaud M-F, Legrand L, Landry D, Barlet X, Lopez-Roques C, Vandecasteele C, Bouchez O, Genin S, Guidot A. (2020) Convergent Rewiring of the Virulence Regulatory Network Promotes Adaptation of Ralstonia solanacearum on Resistant Tomato. Molecular Biology and Evolution [Internet]. Available from: https://doi.org/10.1093/molbev/msaa320
Perrier A, Barlet X, Rengel D, Prior P, Poussier S, Genin S, Guidot A (2019) Spontaneous mutations in a regulatory gene induce phenotypic heterogeneity and adaptation of Ralstonia solanacearum to changing environments. Environmental Microbiology, 21:3140-3152.
Guidot A (2019) Comment un pathogène bactérien change d’hôte ? In : 101 Secrets du Vivant, CNRS Editions.
Perrier A, Barlet X, Peyraud R, Rengel D, Guidot A, Genin S (2018) Comparative transcriptomic studies identify specific expression patterns of virulence factors under the control of the master regulator PhcA in the Ralstonia solanacearum species complex. Microbial Pathogenesis, 116:273-278.
Morel A, Peeters N, Vailleau F, Barberis P, Jiang G, Berthomé R, Guidot A (2018) Plant pathogenicity phenotyping of Ralstonia solanacearum strains. Methods in Molecular Biology, 1734:223-239.
Erill I, Puigvert M, Legrand L, Guarischi-Sousa R, Vandecasteele C, Setubal JC, Genin S, Guidot A, Valls M (2017) Comparative analysis of Ralstonia solanacearum methylomes. Frontiers in Plant Science, 8:504. doi: 10.3389/fpls.2017.00504.
Jiang G, Peyraud R, Remigi P, Guidot A, Berthomé R, Ding W, Jousset A, Genin S, Peeters N (2016) The population dynamics of a bacterial pathogen after host re-infection affects the founding population size. bioRxiv, 061408; doi: https://doi.org/10.1101/061408.
Perrier A, Peyraud R, Rengel D, Barlet X, Lucasson E, Gouzy J, Peeters N, Genin S, Guidot A (2016) Enhanced in planta fitness through adaptive mutations in EfpR, a dual regulator of virulence and metabolic functions in the plant pathogen Ralstonia solanacearum. PloS Pathogens, 12(12): e1006044.doi:10.1371/journal.ppat.1006044.
Reboud X, Sicar, D, Bataillon T, Bedhomme S, Dillmann C, Gaba S, Gallet R, Guidot A, Goldringer I, Jasmin JN, Kaltz O, Méry F, Nidelet T, Schneider D, Spor A (2016). Evolution expérimentale. In: Thomas F., Raymond M., Lefevre T., Biologie évolutive (p. 755-790). De Boeck Supérieur Sciences (DBS Sciences). 1000 p.
Pensec F, Lebeau A, Daunay MC, Chiroleu F, Guidot A, Wicker E (2015) Towards the identification of Type III effectors associated with Ralstonia solanacearum virulence on tomato and eggplant. Phytopathology, 105:1529-1544.
Guidot A, Jiang W, Ferdy JB, Thébaud C, Barberis P, Gouzy J, Genin S (2014) Multihost experimental evolution of the pathogen Ralstonia solanacearum unveils genes involved in adaptation to plants. Molecular Biology & Evolution, 31:2913-2928.
Peeters N, Guidot A, Vailleau F, Valls M (2013) Ralstonia solanacearum, a widespread bacterial plant pathogen in the post-genomic era. Molecular Plant Pathology, 14, 651-662.
Remigi P, Anisimova M, Guidot A, Genin S, Peeters N (2011) Functional diversification of the GALA type III effector family contributes to Ralstonia solanacearum adaptation on different plant hosts. New Phytologist, 192, 976–987.
Coupat-Goutaland B, Bernillon D, Guidot A, Prior P, Nesme X, Bertolla F (2011) Ralstonia solanacearum virulence increased following large interstrain gene transfers by natural transformation. Molecular Plant Microbe Interaction, 24, 497-505.
Macho* AP, Guidot A*, Barberis P, Beuzón CR, Genin S (2010) A competitive index assay identifies several Ralstonia solanacearum Type III effector mutant strains with reduced fitness in host plants. Molecular Plant Microbe Interaction, 23, 1197-1205. *Both authors contributed equally to this work
Remenant B, Coupat-Goutaland B*, Guidot A*, Cellier G, Wicker E, Allen C, Fegan M, Pruvost O, Elbaz M, Calteau A, Salvignol G, Mornico D, Mangenot S, Barbe V, Medigue C, Prior P (2010) Genomes of three tomato pathogens within the Ralstonia solanacearum species complex reveal significant evolutionary divergence. : three original genome sequences for new insights of the species complex. BMC Genomics, 11, 379-395. *Both authors contributed equally to this work
Guidot A, Elbaz M, Carrère S, Siri MI, Pianzzola MJ, Prior P, Boucher C (2009) Specific genes from the potato brown rot strains of Ralstonia solanacearum and their potential use for strain detection. Phytopathology, 99, 1105-1112.
Guidot A, Coupat B, Fall S, Prior P, Bertolla F (2009) Horizontal gene transfer between Ralstonia solanacearum strains detected by comparative genomic hybridization on microarrays. The ISME Journal, 3:549-562.
Högberg N, Guidot A, Jonsson M, Dahlberg A (2009) Microsatellite markers for the ectomycorrhizal basidiomycete Lactarius mammosus. Molecular Ecology Resources, 9:1008-1010.
Guidot A, Prior P, Schoenfeld J, Carrère S, Genin S, Boucher C (2007) Genomic structure and phylogeny of the plant pathogen Ralstonia solanacearum inferred from gene distribution analysis. Journal of Bacteriology, 189:377-387.
Guidot A, Verner MC, Debaud JC, Marmeisse R (2005) Intraspecific variation in use of different organic nitrogen sources by the ectomycorrhizal fungus Hebeloma cylindrosporum. Mycorrhiza, 15:67-177.
Marmeisse R, Guidot A, Gay G, Lambilliotte R, Sentenac H, Combier JP, Melayah D, Fraissinet-Tachet L, Debaud JC (2004) Hebeloma cylindrosporum - a model species to study ectomycorrhizal symbiosis from gene to ecosystem. New Phytologist, 163:481-498.
Guidot A, Johannesson H, Dahlberg A, Stenlid J (2003) Parental tracking in the postfire wood decay ascomycete Daldinia loculata using highly variable nuclear gene loci. Molecular Ecology, 12:1717-1730.
Guidot A, Debaud JC, Marmeisse R (2002) Spatial distribution of the below-ground mycelia of an ectomycorrhizal fungus inferred from specific quantification of its DNA in soil samples. FEMS Microbiology Ecology, 42:477-486.
Guidot A, Debaud JC, Effosse A, Marmeisse R (2004) Below-ground distribution and persistence of an ectomycorrhizal fungus. New Phytologist, 161:539-547.
Guidot A, Debaud JC, Marmeisse R (2003) Nouvelles approches pour l’étude des populations de champignons ectomycorhiziens: typage génétique des mycorhizes et analyse de l’ADN du sol. Les Actes du BRG, 4, 479-489.
Guidot A, Gryta H, Gourbière F, Debaud JC, Marmeisse R (2002) Forest habitat characteristics affect balance between sexual reproduction and clonal propagation of the ectomycorrhizal mushroom Hebeloma cylindrosporum. Oikos, 99:25-36.
Guidot A, Debaud JC, Marmeisse R (2001) Correspondence between genet diversity and spatial distribution of above- and below-ground populations of the ectomycorrhizal fungus Hebeloma cylindrosporum. Molecular Ecology, 10:1121-1131.
Guidot A, Lumini E, Debaud JC, Marmeisse R (1999) The nuclear ribosomal DNA intergenic spacer as a target sequence to study intraspecific diversity of the ectomycorrhizal basidiomycete Hebeloma cylindrosporum directly on Pinus root systems. Applied and Environmental Microbiology, 65:903-909.
Tel +33(0)561285525
Mots clés
Biologie des systèmes, modélisation mathématique, modélisation métabolique, métabolisme, trophisme, tomate, Ralstonia solanacearum, Xylella fastidiosa
Caroline BAROUKH
CRCN INRAE
SUJETS DE RECHERCHE
J’étudie le lien étroit entre métabolisme et virulence. Pour cela, j’utilise des outils de la biologie des systèmes, et plus particulièrement la modélisation métabolique. J’ai également entamé une modélisation de la dynamique infectieuse du pathogène chez la plante. Mon temps de travail est donc divisé entre modélisation et expérimentations qui me permettent de calibrer mes modèles.
FORMATION
2014 – 2016 : Postdoctorat au laboratoire Physiologie et Biotechnologie des Algues (IFREMER), dont 6 mois en tant que visiting scientist à l’Imperial College de Londres (dtp Chemical engineering)
2011 – 2014 : Thèse INRAE - Inria au Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement (INRAE) à Narbonne et dans l’équipe BIOCORE de l’Inria de Sophia-Antipolis.
2010 – 2011 : Bioinformaticienne à Mount Sinai School of Medicine (New York)
2009 - 2010 : MSc Computing for Biomedical Applications, Imperial College de Londres.
2007 - 2010 : Ecole Centrale de Lyon (diplôme d’ingénieur généraliste).
2005 – 2007 : Classes préparatoires (MPSI, MP*)
FINANCEMENTS RECENTS
Financements récents
COLLABORATIONS
Collaborations
MEMBRE COMITE
Élue au conseil scientifique du département SPE.
Élue au conseil scientifique LABEX TULIP.
Élue au conseil du laboratoire.
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Mes publications via ORCID.
HOBBIES
Sur un plan non-professionnel, un de mes passe-temps préféré est la tenue d’un blog de cuisine et de pâtisserie.
Xavier BARLET
IE CNRS
SUJETS DE RECHERCHE
Sujets de recherche
FORMATION
Financements récents
Tel +33(0)561285045
Financements récents
Mots clés
FINANCEMENTS RECENTS
COLLABORATIONS
Collaborations
ENSEIGNEMENT
Enseignements
MEMBRE COMITE
Membre comité
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Productions scientifiques
LIENS
Science & Société
SCIENCE ET SOCIETE
Science & Société
AUTRES AFFILIATION
Autres affiliations
Patrick BARBERIS
AI INRAE
SUJETS DE RECHERCHE
Génération d'une collection de mutants de Ralstonia solanacearum
FORMATION
Tel +33(0)561285045
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Morel A, Guinard J, Lonjon F, Sujeeun L, Barberis P, Genin S, Vailleau F,
Daunay MC, Dintinger J, Poussier S, Peeters N, Wicker E. The eggplant AG91-25 recognizes the Type III-secreted effector RipAX2 to trigger resistance to
bacterial wilt (Ralstonia solanacearum species complex). Mol Plant Pathol. 2018
Nov;19(11):2459-2472. doi: 10.1111/mpp.12724. Epub 2018 Oct 16.
Morel A, Peeters N, Vailleau F, Barberis P, Jiang G, Berthomé R, Guidot A.
Plant Pathogenicity Phenotyping of Ralstonia solanacearum Strains. Methods Mol Biol. 2018;1734:223-239. doi: 10.1007/978-1-4939-7604-1_18. PMID: 29288458.
Perrier A, Barberis P, Genin S. Introduction of Genetic Material in Ralstonia
solanacearum Through Natural Transformation and Conjugation. Methods Mol Biol. 2018;1734:201-207. doi: 10.1007/978-1-4939-7604-1_16.
Guidot A, Jiang W, Ferdy JB, Thébaud C, Barberis P, Gouzy J, Genin S.
Multihost experimental evolution of the pathogen Ralstonia solanacearum unveils genes involved in adaptation to plants. Mol Biol Evol. 2014 Nov;31(11):2913-28. doi: 10.1093/molbev/msu229. Epub 2014 Aug 1. P
Macho AP, Guidot A, Barberis P, Beuzón CR, Genin S. A competitive index assay
identifies several Ralstonia solanacearum type III effector mutant strains with
reduced fitness in host plants. Mol Plant Microbe Interact. 2010
Sep;23(9):1197-205. doi: 10.1094/MPMI-23-9-1197.
Poueymiro M, Cunnac S, Barberis P, Deslandes L, Peeters N, Cazale-Noel AC,
Boucher C, Genin S. Two type III secretion system effectors from Ralstonia
solanacearum GMI1000 determine host-range specificity on tobacco. Mol Plant
Microbe Interact. 2009 May;22(5):538-50. doi: 10.1094/MPMI-22-5-0538.
Cunnac S, Occhialini A, Barberis P, Boucher C, Genin S. Inventory and
functional analysis of the large Hrp regulon in Ralstonia solanacearum:
identification of novel effector proteins translocated to plant host cells
through the type III secretion system. Mol Microbiol. 2004 Jul;53(1):115-28.
doi: 10.1111/j.1365-2958.2004.04118.x.
Brito B, Aldon D, Barberis P, Boucher C, Genin S. A signal transfer system
through three compartments transduces the plant cell contact-dependent signal
controlling Ralstonia solanacearum hrp genes. Mol Plant Microbe Interact. 2002
Feb;15(2):109-19. doi: 10.1094/MPMI.2002.15.2.109.
Isabelle MILA
AI INRAE
SUJETS DE RECHERCHE
Je participe à l’étude des cibles de virulence de la bactérie pathogène Ralstonia solanacearum chez la tomate, pour 75% de mon temps. Les 25 % du temps restant sont dédiés à contribuer à la communication du LIPME.
FORMATION
1998 Ingénieur en Biochimie des IAA, CNAM, Paris
1991 Licence Professionnelle en Biotechnologies Végétales, ENFA-UPS Toulouse
Tel +33(0)561285045
Mots clés
Ralstonia Solancearum, NLR, Nicotiana benthamiana, Rip effectors,
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
An NLR Integrated Decoy toolkit to identify plant pathogen effector targets
Landry David; Mila Isabelle; SABBAGH Cyrus; Zaffuto Matilda; Pouzet, Cécile; Tremousaygue Dominique; Dabos Patrick; DeslandesLaurent; Peeters Nemo (Plant Journal, 2023)
Tel +33(0)561285045
Mots clés
Ralstonia pseudosolanacearum,
ADN méthyltransférases,
méthylation de l’ADN,
évolution expérimentale
Aurore Coissac
Doctorante SEVAB-UPS
SUJETS DE RECHERCHE
Rôle de la méthylation de l’ADN chez Ralstonia pseudosolanacearum (souche GMI1000), dans la méthylation de l’ADN, la virulence et l’adaptation à l’hôte.
FORMATION
2020 : Master Microbiologie Moléculaire de l’UT3 de Toulouse.
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
2020 : Master Microbiologie Moléculaire de l’UT3 de Toulouse.
Tel +33(0)561285045
Mots clés
Ralstonia solanacearum, effecteurs de virulence, dynamique de population bactérienne, bottleneck d’infection, population fondatrice efficace, codes-barres génétiques
Sylvain Vicente
Doctorant SEVAB-UPS
SUJETS DE RECHERCHE
Etude de la dynamique spatio-temporelle de population bactérienne pour décrypter les barrières de plantes hôtes à une infection par Ralstonia solanacearum
FORMATION
2021 - 2023 : Master Biotechnologies Microbiologie Moléculaire (Université Toulouse 3 Paul-Sabatier)
2018-2021 : Licence Biochimie, Biologie Moléculaire et Microbiologie (Université Toulouse 3 Paul-Sabatier)
2018-2021 : Cursus BIOMIP de renforcement en Mathématiques, Informatique, Physique appliqué à la biologie (Université Toulouse 3 Paul-Sabatier)
ENSEIGNEMENT
Doctorant Chargé d’Enseignement en Microbiologie à l’université Paul Sabatier
PRODUCTION SCIENTIFIQUE